A nemzeti felügyeleti hatóságok közötti kommunikáció a Belső Piaci Információs Rendszer (továbbiakban: IMI rendszer) speciálisan ezen eljárásaihoz átalakított felületén folyik. 2018-tól kezdve a Hatóság összesen 7105 IMI rendszeren belüli eljárást fogadott és 442 eljárást indított.
1.) 56. cikk szerinti eljárás
Amennyiben nem ismert a nemzetközi adattovábbítással kapcsolatos vizsgálati eljárás esetén az egy ablakos ügyintézés keretein belül eljáró fő felügyeleti hatóság (ez az adatkezelő vagy az adatfeldolgozó tevékenységi központjának tagállama szerinti hatóság), a panaszt fogadó tagállami hatóság a fő felügyeleti hatóság és az érintett felügyeleti hatóság(ok) azonosítására szolgáló eljárást folytat le, így az érintett hatóságok véleményezhetik a főfelügyeleti hatóság által meghozott végleges döntéseket.
2.) 60. cikk szerinti eljárás
Miután a fő felügyeleti hatóság kijelölésre került, a saját eljárásjogi szabályai alapján kivizsgálja a panaszt és az ügyben egy döntéstervezetet készít. A döntéstervezetet minden érintett hatóságnak lehetősége van négy héten belül véleményezni megjegyzések vagy releváns és megalapozott kifogások formájában. Ha egy döntéstervezettel szemben nem érkezik kifogás, a fő felügyeleti hatóság végleges döntésként megküldi az utolsó verziót az összes tagállami hatóságnak. Az együttműködési eljárások részét képezik még az érintetti megjegyzések alapján létrehozott felülvizsgált döntéstervezet, illetve az együttműködési eljárásokkal kapcsolatos kommunikációt megkönnyítő releváns dokumentumok megküldése eljárás.
3.) 64. cikk szerinti eljárás
Az Európai Adatvédelmi Testület által kiadott vélemények is az IMI rendszeren keresztül kerülnek megköröztetésre első körben. Az EDPB vélemények legfőbb célja az európai adatvédelmi hatóságok együttműködésének elősegítése és az eljárási gyakorlatok egységesítése.